从方法学的角度说，在行为矫正时应注意以下问题。第一，应对矫正方法及其效果有正确的认识。任何行为矫正的效果都同时受制于方法本身的因素、存在问题行为的当事人的因素和矫正者自身的因素。理解的行为矫正效果是这三种因素的最佳配合。第二，考虑行为矫正的对象。个体的心理和行为问题很多，但不是每一种心理和行为问题都可以采用行为矫正的方法。行为矫正通常被用于儿童自控能力差、学校恐惧症、抑郁与焦虑、酒精中毒、肥胖等的治疗。第三，应确立现实的目标。一般地，行为矫正是以消除不良行为、培养良好行为为主要目的。第四，应制定周密的计划；第五，坚持多种方法综合使用。任何一种问题行为的消除都是困难的，单一的方法往往难以奏效。因此，在面对问题行为时要综合考虑生物、心理、社会诸方面的因素，在解决某一问题行为时要全面考虑各种具体方法的综合运用。

从伦理道德的角度看，行为矫正应注意以下问题。首先，考虑文化社会背景，重视价值分析。一方面，对于同一种行为，可能在不同的社会、文化背景中有不同的含义，一个文化中认为的问题行为，在另一种文化背景中可能是正常行为。另一方面，即使是问题行为，也要认真分析有无矫正的必要，如小孩好动、爱插嘴，但并不一定就如同家长和教师描述的那样严重，一定要矫正不可。其次，行为矫正必须以当事人正式求助为前提，如其不然，则即使矫正，效果亦不会好。第三，保护当事人的权利。在矫正过程中，收集相关信息是必然的，但对这些信息的使用和处理应特别慎重，应仅用于矫正本身，杜绝扩散，不应从当事人身上获得任何私利。第四，必须坦率真诚。不能夸大自己的能力，应明确地说明干预的目标和可能的效果，客观地分析可能面临的问题以及干预所带来的可能的不愉快的反应，正确评价干预的效果等等。最后，要信守最少干预原则，行为矫正应严格地限制在当事人或其监护人请求和同意的范围之内，不可私自进行额外的矫正程序。